El BM Antequera comienza a jugar en categorías provinciales, disputándose en esos años distintas fases de ascenso. Son años en los que se trabaja duro para ir aumentando poco a poco los equipos de base, e ir haciendo crecer el número de aficionados implicados en el proyecto del club, sentando así las bases de lo que ahora es el BM Antequera.

En la temporada 2001/02 consigue una plaza federativa para la disputa de la liga en Primera División Nacional. Al finalizar la campaña ocupa la segunda posición, lo que le da derecho a participar en los sectores de ascenso a División de Honor B. Tras la disputa de estos, logra la tercera plaza lo que le aboca a jugar la promoción frente al BM Elda que frustra el sueño del ascenso al vencer en el doble partido por una diferencia total de 3 goles.

En la siguiente temporada su cuarto lugar no le da opción a disputar fase alguna, y por fin en 2003/04, consigue acabar como campeón de su grupo. Sin embargo, en la fase de ascenso disputada en Logroño, una serie de resultados ajustados, pero desfavorables, le aparta de nuevo de la posibilidad del ascenso. La frustración que ello produce en la ciudad, junto con el imparable auge de asistencia y afición por nuestro deporte, empuja a la Junta Directiva en junio de 2004a adquirir los derechos federativos para la disputa de la liga en División de Honor B que poseía un histórico con problemas económicos, el BM Rochelambert, que a la postre acabaría desapareciendo como club esa misma temporada.

Esta temporada 2004/05, se presenta como muy difícil y complicada, tanto por la bisoñez que supone el estreno de categoría como por la premura con la que se hubo de confeccionar el equipo. Efectivamente tras la primera vuelta se ocupa la ultima posición, y cada partido supone una final. Tras una brillante segunda vuelta, se consigue primero salvar el descenso directo y tras una vibrante promoción contra Edenca Ciudad Encantada de Cuenca, salvar definitivamente la categoría.

Entre tanto, los equipos de base en este periodo logran diversos campeonatos y subcampeonatos tanto provinciales como regionales, destacando el ascenso del juvenil a primera territorial andaluza en 2000/01, logrando el subcampeonato andaluz en 2002/03, el ascenso a segunda nacional del equipo señor territorial en 2003/04 y finalmente el brillante cuarto puesto en el Campeonato de España de la categoría del equipo cadete en 2004/05.

En la actualidad, el BM Antequera mantiene además del primer equipo, a un equipo senior en segunda división, a dos de juveniles, uno de ellos en primera andaluza, dos equipos de cadetes, dos de infantiles y otros dos de alevines.

Pero la más brillante temporada del club es sin duda la 2005/2006, tanto a niveles de base como de primer equipo.

Así, los alevines se proclaman campeones provinciales, al igual que los infantiles que además disputan la fase andaluza, proclamándose subcampeones de Andalucía, y la fase nacional, en la que obtienen el décimo lugar a nivel estatal.

Los cadetes por su parte se clasifican para la fase regional, finalizando como terceros clasificados de Andalucía., mientras que los equipos de juveniles son campeones provinciales, y el de Territorial Andaluza, subcampeón de Andalucía y noveno en la fase nacional. El equipo senior termina como subcampeón provincial.

El equipo absoluto por su parte realiza una brillante campaña en División de Honor B. Al finalizar la campaña, se proclama campeón, habiendo ganado 23 partidos, empatado 2 y perdido solo 5, lo que le reporta un total de 48 puntos. Consiguió 849 goles a favor y encajó 734. Estos números le permitieron acabar en primer lugar de la División, con 5 puntos de ventaja sobre el segundo clasificado, Darien Logroño. Ambos ascienden a la máxima categoría del balonmano nacional.